继续延续上一季的剧情,原来穆德受了骗,及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩,一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔,客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明显,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
戈登·科米尔,齐亚文提奥,伊恩·欧斯利,达拉斯·刘,伊丽莎白·于,李善亨,金大贤,张至仪,梁振邦,林继修,伊冯娜·查普曼,富田谭玲,凯西·坎普-霍里内克,赵雅顿,玉田百名,乌特卡什·安邦德卡尔,丹尼·朴迪,詹姆士·谢,A·马丁内斯,Ruy Iskandar,塔莉娅·陈,乔尔·蒙格朗,Jayden Zhang,Jayden Zhang